Es el órgano de línea que tiene a su cargo la coordinación de las actividades de seguimiento y monitoreo de la ejecución y cumplimiento de los contratos o convenios suscritos para la ejecución de proyectos, becas, financiamientos y cualquier otro tipo de subvenciones otorgadas por el Fondo, en el marco de las prioridades, criterios y lineamientos de política establecidos en el Plan Nacional de CTeI y los que apruebe el CONCYTEC.

Sus funciones son:

1. Coordinar las actividades de seguimiento y monitoreo técnico y financiero de los proyectos adjudicados por el FONDECYT, desde el primer desembolso hasta el cierre del proyecto, sobre la base de los lineamientos y directivas aprobadas por el CONCYTEC.
2. Verificar el cumplimiento de los resultados intermedios y finales; así como de los procedimientos establecidos para el seguimiento de los proyectos.
3. Evaluar las solicitudes e informes presentados por los beneficiarios del financiamiento, determinando o proponiendo respuestas para mejorar la calidad en la ejecución de las mismas.
4. Elaborar los informes de cierre de los financiamientos otorgados por el FONDECYT y otros fondos que se le asigne; en correspondencia a lo establecido en los contratos o convenios suscritos con los beneficiarios.
5. Asesorar a los beneficiarios de los financiamientos otorgados para facilitar el cumplimiento técnico y financiero correspondiente.
6. Proponer la mejora continua sobre los componentes y sus herramientas de acuerdo a las observaciones brindadas por las entidades a nivel de organización, procesos, controles y sistemas.
7. Elaborar, actualizar y gestionar la ficha técnica de los proyectos.
8. Coordinar con el Área de Comunicaciones la elaboración de materiales de difusión de cada proyecto financiado.
9. Otras funciones que la Dirección Ejecutiva solicite, en el ámbito de su competencia.

Es el órgano de línea responsable de planificar, ejecutar y supervisar las actividades referidas a la publicación de la convocatorias a concursos públicos previamente diseñadas por los órganos competentes del CONCYTEC, recibir las propuestas o solicitudes correspondientes y derivarlas a los órganos competentes del CONCYTEC para su evaluación y la selección de ganadores, así como publicar los resultados remitidos y firmar los contratos de otorgamiento de donaciones, subsidios, becas, financiamientos y cualquier otro tipo de subvenciones otorgadas por el Fondo, en el marco de las prioridades, criterios y lineamientos de política establecidos en el Plan Nacional de CTeI y los que apruebe el CONCYTEC.

Sus funciones son:

1. Proponer las metodologías de evaluación técnica-financiera en los diversos instrumentos del FONDECYT.
2. Establecer mecanismos para la retroalimentación de lecciones aprendidas en cada proceso.
3. Coordinar y proponer los documentos que se requieran para el logro de los objetivos.
4. Actualizar y gestionar la base de datos relacionados a sus funciones.
5. Informar y presentar los proyectos seleccionados al Director Ejecutivo para su aprobación final.
6. Revisar con las entidades beneficiadas los alcances, términos y propuestas pertinentes para los contratos a suscribir con dichas entidades de acuerdo a las políticas del Fondo.
7. Remitir a la Unidad de Seguimiento y Monitoreo, la documentación e información de las subvenciones aprobadas para su supervisión y control.
8. Proponer mejoras sobre los concursos de acuerdo a la experiencia de cada proceso y las observaciones brindadas por las entidades participantes, a nivel de organización, procesos y sistemas.
9. Planificar, ejecutar y supervisar las actividades referidas a la publicación de los resultados de los concursos públicos para el otorgamiento de donaciones, subsidios, becas, financiamiento y cualquier otro tipo de subvenciones que se otorgan con los recursos del FONDECYT. Los resultados deberán ser remitidos por los órganos competentes del CONCYTEC.
10. Otras funciones que la Dirección Ejecutiva solicite, en el ámbito de su competencia.

Es el órgano de línea que tiene a su cargo la elaboración de propuestas de mejora de los instrumentos del FONDECYT. Asimismo, es responsable de acompañar a las otras unidades de la organización en la ejecución de sus actividades para mejorar su implantación. Sus funciones son: